| R.E.A. SILVA LTDA | UBATUBA | Comércio varejista especializado de eletrodomésticos e equipamentos de áudio e vídeo | 2023 |
| R&G CONSTRUCOES LTDA | ACARAI | Construção de edifícios | 2024 |
| R & G MANUTENCAO E PRESTADORA DE SERVICOS LTDA | IPEROBA | Construção de edifícios | 2026 |
| R.G. TERMINAL DE CARGAS LTDA | ROCIO GRANDE | Depósitos de mercadorias para terceiros, exceto armazéns gerais e guarda-móveis | 1997 |
| R LEBOTIQUE PRECO POPULAR LTDA | ENSEADA | Comércio varejista de artigos do vestuário e acessórios | 2021 |
| R. LOBO PARTICIPACOES LTDA | CENTRO | Holdings de instituições não-financeiras | 2007 |
| R S ENGENHARIA LTDA | UBATUBA | Serviços de engenharia | 2023 |
| RACIONAL CONTABILIDADE LTDA | ROCIO GRANDE | Atividades de contabilidade | 2002 |
| RADAR SAO FRANCISCO LTDA | ACARAI | Agências de publicidade | 2017 |
| RADIO DIFUSORA SAO FRANCISCO LTDA | CENTRO | Atividades de rádio | 1976 |
| RADIO OCEANICA FM LTDA | CENTRO | Atividades de rádio | 2010 |
| RAFAEL OLIVEIRA PRADO LTDA | ACARAI | Preparação de documentos e serviços especializados de apoio administrativo não especificados anteriormente | 2023 |
| RAFAELLA EMPREITEIRA E INCORPORADORA LTDA | MORRO GRANDE | Gestão e administração da propriedade imobiliária | 2000 |
| RAIA DROGASIL S/A | CENTRO | Comércio varejista de produtos farmacêuticos, sem manipulação de fórmulas | 2024 |
| RAMAME OTICA LTDA | CENTRO | Comércio varejista de artigos de óptica | 2026 |
| RAMOS E MACHADO COMERCIO LTDA | PRAIA GRANDE | Comércio varejista de tintas e materiais para pintura | 2021 |
| RAMOS SORVETES E SALGADOS LTDA | ENSEADA | Lanchonetes, casas de chá, de sucos e similares | 2017 |
| RANCHO BOM LTDA | MIRANDA | Fornecimento de alimentos preparados preponderantemente para consumo domiciliar | 2024 |
| RANCHO DOS ANIMAIS LTDA | UBATUBA | Higiene e embelezamento de animais domésticos | 2022 |
| RANCHO DOS ANIMAIS LTDA | ENSEADA | Higiene e embelezamento de animais domésticos | 2023 |
| RANCHO FUNDO DO COPO LTDA | PRAIA DO ERVINO | Bares e outros estabelecimentos especializados em servir bebidas, com entretenimento | 2026 |
| RARV ADMINISTRADORA DE BENS LTDA | ROCIO PEQUENO | Aluguel de imóveis próprios | 2022 |
| RAUDIMAR ANDRETE ADVOGADOS ASSOCIADOS | CENTRO | Serviços advocatícios | 2012 |
| RB DREAMS MARKETING LTDA | PRAIA GRANDE | Marketing direto | 2009 |
| RB TRANSPORTES E ARMAZENS GERAIS LTDA | ROCIO GRANDE | Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, intermunicipal, interestadual e internacional | 2025 |
| RB TRANSPORTES RODOVIARIOS LTDA | ROCIO GRANDE | Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, municipal | 2018 |
| RBR LOGISTICA PORTUARIA LTDA | CENTRO | Atividades do Operador Portuário | 2024 |
| RC EVENTOS LTDA | ENSEADA | Bares e outros estabelecimentos especializados em servir bebidas, com entretenimento | 2020 |
| RC FASHION COMERCIO DE CONFECCOES LTDA | CENTRO | Comércio varejista de artigos do vestuário e acessórios | 2017 |
| RCF INVESTIMENTOS LTDA | ENSEADA | Atividades de intermediação e agenciamento de serviços e negócios em geral, exceto imobiliários | 2023 |
| RCMH ASSESSORIA LTDA | AGUA BRANCA | Serviços combinados de escritório e apoio administrativo | 2025 |
| RD MONTAGEM INDUSTRIAL LTDA | UBATUBA | Serviços de usinagem, tornearia e solda | 2022 |
| RE LOCACOES LTDA | ROCIO GRANDE | Aluguel de outras máquinas e equipamentos comerciais e industriais não especificados anteriormente, sem operador | 2025 |
| RE NOVY LABORATORIO DE PROTESES DENTARIAS LTDA | IPEROBA | Serviços de prótese dentária | 2017 |
| REAL GAS COMERCIO LTDA | ERVINO | Comércio varejista de gás liqüefeito de petróleo (GLP) | 2018 |
| REAL MARINE AGRONOMIA LTDA | PAULAS | Atividades técnicas relacionadas à engenharia e arquitetura não especificadas anteriormente | 2016 |
| REC REFRIGERACAO LTDA | RETA | Comércio varejista especializado de peças e acessórios para aparelhos eletroeletrônicos para uso doméstico, exceto informática e comunicação | 2021 |
| REC SOLUCOES LTDA | RETA | Comércio atacadista de equipamentos elétricos de uso pessoal e doméstico | 2025 |
| RECANTO MONTE TRIGO LTDA | RETA | Hotéis | 2019 |
| RECANTO STURION AGENCIA DE TURISMO LTDA | ENSEADA | Restaurantes e similares | 2014 |
| RECRIAR CLINICA INTEGRADA E SAUDE OCUPACIONAL LTDA | UBATUBA | Atividades de psicologia e psicanálise | 2026 |
| RED TRUCK TRANSPORTE RODOVIARIO DE CARGAS LTDA | ACARAI | Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, municipal | 2010 |
| REDE ARATUCA HOSPEDAGENS E EXPERIENCIAS LTDA | PRAIA GRANDE | Outros alojamentos não especificados anteriormente | 2021 |
| REDE FEMININA DE COMBATE AO CANCER DE SAO FRCO DO SUL | CENTRO | Centros de apoio a pacientes com câncer e com AIDS | 1985 |
| REDE NACIONAL DE APRENDIZAGEM, PROMOCAO SOCIAL E INTEGRACAO | ROCIO PEQUENO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 2022 |
| REDE SUSTENTABILIDADE - COMISSAO PROVISORIA MUNICIPAL | MIRANDA | Atividades de organizações políticas | 2016 |
| REFEICOES DIVINO SABOR LTDA | ACARAI | Fornecimento de alimentos preparados preponderantemente para consumo domiciliar | 2016 |
| REFINARIA DE MATARIPE S.A | CENTRO | Comércio atacadista de álcool carburante, biodiesel, gasolina e demais derivados de petróleo, exceto lubrificantes, não realizado por transportador re | 2024 |
| REFORMAS E INSTALACOES WEIRICH LTDA | UBATUBA | Outras obras de acabamento da construção | 2014 |
| REGENCIA IMOVEIS LTDA | CENTRO | Corretagem no aluguel de imóveis | 1994 |
Malha municipal: IBGE