| FRIGORIFICO TONNO DE PESCADOS LTDA | RESIDENCIAL PLAZA MARTIN | Preservação de peixes, crustáceos e moluscos | 2009 |
| FRIGORIFICO TONNO DE PESCADOS LTDA | RESIDENCIAL PLAZA MARTIN | Peixaria | 2022 |
| FRISON VEICULOS LTDA | VILA DOS LAVRADORES | Comércio a varejo de automóveis, camionetas e utilitários usados | 2024 |
| FRZ INCORPORADORA BOTUCATU 01 SPE LTDA | JARDIM BOM PASTOR | Incorporação de empreendimentos imobiliários | 2021 |
| FRZ INCORPORADORA BOTUCATU 01 SPE LTDA | JARDIM BOM PASTOR | Incorporação de empreendimentos imobiliários | 2023 |
| FS&V COMERCIO DE ROUPAS, ACESSORIOS E LIVROS LTDA | JARDIM CENTRAL | Comércio varejista de artigos do vestuário e acessórios | 2019 |
| FSAD - FOCO EM SAUDE ADESAO AO DIAGNOSTICO LTDA | CHACARA FLORESTA | Atividades de atenção ambulatorial não especificadas anteriormente | 2025 |
| FU MING YWAN | RURAL | Criação de bovinos para corte | 2006 |
| FUDOLI GAS LTDA | VILA CIDADE JARDIM | Comércio varejista de gás liqüefeito de petróleo (GLP) | 2009 |
| FUELS 4 LIFE DO BRASIL LTDA | CHACARA FLORESTA | Comércio atacadista de defensivos agrícolas, adubos, fertilizantes e corretivos do solo | 2024 |
| FUJIO TONI KAI | RURAL | Horticultura, exceto morango | 2017 |
| FUMES COMERCIO DE MATERIAIS PARA CONSTRUCAO LTDA | JARDIM AMERICA | Comércio varejista de materiais de construção em geral | 2010 |
| FUMES STUDIO PERSONAL LTDA | VILA CARMELO | Atividades de condicionamento físico | 2023 |
| FUMIS E FUMIS INFORMATICA LTDA | CENTRO | Reparação e manutenção de computadores e de equipamentos periféricos | 2016 |
| FUNARI INCORPORADORA LTDA | CENTRO | Incorporação de empreendimentos imobiliários | 2019 |
| FUNCIONAL TECNICA ADMINISTRADORA E CORRETORA DE SEGUROS LTDA | CENTRO | Corretores e agentes de seguros, de planos de previdência complementar e de saúde | 1992 |
| FUNDACAO BRITO JUNIOR DE RADIO E TV EDUCATIVA | VILA FORMOSA (RUBIAO JUNIOR) | Atividades de organizações associativas ligadas à cultura e à arte | 2025 |
| FUNDACAO CASA DAS MENINAS AMANDO DE BARROS | CENTRO | Serviços de assistência social sem alojamento | 1968 |
| FUNDACAO CENTRO DE ATENDIMENTO SOCIOEDUCATIVO AO ADOLESCENTE - FUNDACAO CASA - SP | JARDIM AEROPORTO | Administração pública em geral | 2006 |
| FUNDACAO CULT EDUC DE RADIO E TELEVISAO LANHOSO DE LIMA | VILA PADOVAN | Atividades de televisão aberta | 1991 |
| FUNDACAO DE APOIO AOS HOSPITAIS VETERINARIOS DA UNESP | UNESP CAMPUS DE BOTUCATU | Atividades de apoio à gestão de saúde | 1987 |
| FUNDACAO DE APOIO AOS HOSPITAIS VETERINARIOS DA UNESP | JARDIM PARAISO | Comércio varejista de animais vivos e de artigos e alimentos para animais de estimação | 2019 |
| FUNDACAO DE ESTUDOS E PESQUISAS AGRICOLAS E FLORESTAIS | ALTOS DO PARAISO | Pesquisa e desenvolvimento experimental em ciências físicas e naturais | 1980 |
| FUNDACAO DO INSTITUTO DE BIOCIENCIAS | RUBIAO JUNIOR | Pesquisa e desenvolvimento experimental em ciências físicas e naturais | 1996 |
| FUNDACAO LUCENTIS V-BIOPHARMA | CENTRO | Pesquisa e desenvolvimento experimental em ciências sociais e humanas | 1997 |
| FUNDACAO PARA O DESENVOLVIMENTO MEDICO E HOSPITALAR | RUBIAO JUNIOR | Outras atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente | 1981 |
| FUNDACAO PARA O DESENVOLVIMENTO MEDICO E HOSPITALAR | RUBIAO JUNIOR | Outras atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente | 2004 |
| FUNDACAO PARA O DESENVOLVIMENTO MEDICO E HOSPITALAR | DISTRITO INDUSTRIAL | Outras atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente | 2013 |
| FUNDACAO UNI | DISTRITO INDUSTRIAL | Outras atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente | 1998 |
| FUNDACAO UNI | DISTRITO INDUSTRIAL | Atividades de atenção ambulatorial não especificadas anteriormente | 2014 |
| FUNDARE ENGENHARIA LTDA | VILA DOS LAVRADORES | Construção de edifícios | 2021 |
| FUNDO MUNICIPAL DA PESSOA COM DEFICIENCIA | CENTRO | Administração pública em geral | 2010 |
| FUNDO MUNICIPAL DE ASSISTENCIA SOCIAL DE BOTUCATU - FMAS | CENTRO | Serviços de assistência social sem alojamento | 1996 |
| FUNDO MUNICIPAL DE EDUCACAO | CENTRO | Administração pública em geral | 2018 |
| FUNDO MUNICIPAL DE SANEAMENTO AMBIENTAL E DE INFRAESTRUTURA FMSAI | CENTRO | Administração pública em geral | 2024 |
| FUNDO MUNICIPAL DE SAUDE DE BOTUCATU | VILA DOS LAVRADORES | Atividades de apoio à gestão de saúde | 1991 |
| FUNDO MUNICIPAL DO IDOSO | CENTRO | Regulação das atividades de saúde, educação, serviços culturais e outros serviços sociais | 2015 |
| FUNERARIA CORACAO DE JESUS LTDA | VILA DOS LAVRADORES | Serviços de funerárias | 1977 |
| FUNERARIA SAO JOSE - SISTEMA PRECAVER LTDA | CENTRO | Serviços de funerárias | 1966 |
| FUNERARIA SAO JOSE - SISTEMA PRECAVER LTDA | CENTRO | Serviços de funerárias | 2015 |
| FUNGHI PLUS INDUSTRIA E COMERCIO LTDA | DISTRITO INDUSTRIAL III - DOMINGOS LOPES | Horticultura, exceto morango | 2025 |
| FUNGIBRAS INDUSTRIA E COMERCIO EM FUNGICULTURA LTDA | DISTRITO INDUSTRIAL | Horticultura, exceto morango | 2003 |
| FURLAN & MILANESI REPRESENTACAO COMERCIAL LTDA | VILA SANTA THEREZINHA DE MENINO JESUS | Outros representantes comerciais e agentes do comércio especializado em produtos não especificados anteriormente | 2015 |
| FURLANETO & OLIVEIRA RESTAURANTE LTDA | CENTRO | Restaurantes e similares | 2011 |
| FUSCO E CARVALHO ADVOGADOS ASSOCIADOS | CENTRO | Serviços advocatícios | 1996 |
| FUSCO & LISBOA PARTICIPACOES E EMPREENDIMENTOS LTDA | CENTRO | Outras sociedades de participação, exceto holdings | 2013 |
| FUTEBOL CLUBE PARANA | VILA ANTARTICA | Clubes sociais, esportivos e similares | 2012 |
| FUTURA CONSTRUCOES E COMERCIO LTDA | VILA SONIA | Construção de edifícios | 1997 |
| FUTURA CONSULTORIA DE TI LTDA | JARDIM CAMBUI | Consultoria em tecnologia da informação | 2026 |
| FUTURA REPRESENTACOES MEDICAS BOTUCATUENSE LTDA | VILA SAO LUCIO | Atividade médica ambulatorial restrita a consultas | 2019 |
Malha municipal: IBGE