| SANTOS E FERREIRA POUSADA E CAFE LTDA | BARRA DA LAGOA | Hotéis | 2026 |
| SANTOS E SANTOS TELEFONIA E COMUNICACAO LTDA | CENTRO | Comércio varejista especializado de equipamentos de telefonia e comunicação | 2019 |
| SANTOS MASTROTTI HOLDING LTDA | CENTRO | Holdings de instituições não-financeiras | 2024 |
| SANTOS & SANTOS LIMPA FOSSA LTDA | PEREQUE ACU | Atividades relacionadas a esgoto, exceto a gestão de redes | 1997 |
| SANTOS & SOUZA ADMINISTRADORA LTDA | PRAIA GRANDE | Aluguel de imóveis próprios | 2026 |
| SAO CHARBEL EMPREENDIMENTOS IMOBILIARIOS LTDA | CENTRO | Incorporação de empreendimentos imobiliários | 1991 |
| SAO JORGE AMBIENTAL COMERCIO DE SUCATAS LTDA | ARARIBA | Comércio atacadista de resíduos e sucatas metálicos | 2018 |
| SAO NICOLAU ARTIGOS RELIGIOSOS LTDA | BAIRRO DA LOGOA | Comércio varejista de outros produtos não especificados anteriormente | 2009 |
| SAPE SURF BAR LTDA | SAPE | Bares e outros estabelecimentos especializados em servir bebidas, sem entretenimento | 2017 |
| SAPIENS - ESPACO DO SABER LTDA | CENTRO | Cursos preparatórios para concursos | 2009 |
| SAPRU - ASSOCIACAO AMIGOS DO PRUMIRIM | ALDEIAS DO PRUMIRIM | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 1986 |
| SARAH BILITARDO FELIX GUIMARAES LTDA | CENTRO | Comércio atacadista de resíduos e sucatas não-metálicos, exceto de papel e papelão | 2023 |
| SARAH CHAHIN SOCIEDADE INDIVIDUAL DE ADVOCACIA | MATO DENTRO | Serviços advocatícios | 2024 |
| SARAH MOUASSAB CORRETORA DE SEGUROS LTDA | CENTRO | Corretores e agentes de seguros, de planos de previdência complementar e de saúde | 2017 |
| SARDINHA BOTECO LTDA | CENTRO | Restaurantes e similares | 2024 |
| SASSO PARTICIPACOES E SERVICOS LTDA | BARRA DA LAGOA | Holdings de instituições não-financeiras | 2026 |
| SATO SERVICOS IMOBILIARIOS E ADMINISTRATIVOS LTDA | ITAGUA | Corretagem no aluguel de imóveis | 2022 |
| SAUBA - CLINICA MEDICA S/S LTDA | CENTRO | Atividade médica ambulatorial com recursos para realização de exames complementares | 2013 |
| SAURA ADMINISTRACAO DE BENS PROPRIOS LTDA | CENTRO | Holdings de instituições não-financeiras | 2025 |
| SAUSALITO COMERCIO DE BEBIDAS E GENEROS ALIMENTICIOS LTDA | ITAGUA | Lanchonetes, casas de chá, de sucos e similares | 2017 |
| SB CENTRO DE BELEZA LTDA | CENTRO | Cabeleireiros, manicure e pedicure | 2024 |
| SB TURISMO UBATUBA LTDA | SACO DA RIBEIRA | Transporte aquaviário para passeios turísticos | 2023 |
| SBARQ ARQUITETURA E CONSULTORIA LTDA | RESSACA | Serviços de arquitetura | 2026 |
| SBJ HOLDING PATRIMONIAL E PARTICIPACOES LTDA | ITAMAMBUCA | Holdings de instituições não-financeiras | 2020 |
| SC LITORAL FACILITIES SERVICOS LTDA | SILOP | Serviços combinados para apoio a edifícios, exceto condomínios prediais | 2025 |
| SCA PINTURAS E LIMPEZAS LTDA | IPIRANGUINHA | Serviços de pintura de edifícios em geral | 2026 |
| SCHEFFER & MARQUES MADEIRAS E MATERIAIS PARA CONSTRUCAO LTDA | MATO DENTRO | Comércio varejista de madeira e artefatos | 2008 |
| SCHOENBERGER SORVETERIA LTDA | CENTRO | Lanchonetes, casas de chá, de sucos e similares | 2013 |
| SCM ADMINISTRACAO DE IMOVEIS LTDA | MARANDUBA | Gestão e administração da propriedade imobiliária | 2025 |
| SCP VILLA MODENA UBATUBA | ITAGUA | Incorporação de empreendimentos imobiliários | 2019 |
| SDB INCORPORACOES IMOBILIARIAS LTDA | ITAGUA | Incorporação de empreendimentos imobiliários | 2008 |
| SDCC ACESSORIOS DE TELEFONIA LTDA | ITAGUA | Comércio varejista especializado de equipamentos e suprimentos de informática | 2013 |
| SEA OPEN HORIZON REPRESENTACOES LTDA | SERTAO DO MEIO | Obras de alvenaria | 2021 |
| SEARA ALIMENTOS LTDA | ITAGUA | Comércio varejista de carnes - açougues | 2021 |
| SEBASTIAO CURIMBABA | LAZARO | Transporte por navegação interior de passageiros em linhas regulares, intermunicipal, interestadual e internacional, exceto travessia | 1986 |
| SEBASTIAO LUCIO DE OLIVEIRA | PROMIRIM | Pesca de crustáceos e moluscos em água salgada | 2026 |
| SEBASTIAO RODRIGUES DAS NEVES | RIO ESCURO | Cultivo de outras plantas de lavoura temporária não especificadas anteriormente | 2018 |
| SECRETARIA DE AGRICULTURA E ABASTECIMENTO | HORTO FLORESTAL | Administração pública em geral | 2002 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE EDUCACAO | CENTRO | Regulação das atividades de saúde, educação, serviços culturais e outros serviços sociais | 2018 |
| SEEMLY HOLDINGG PATRIMONIAL LTDA | CENTRO | Comércio varejista de bebidas | 2024 |
| SEIJI IGARASHI | RIO ESCURO | Horticultura, exceto morango | 2017 |
| SEJA FIBRA - SERVICOS & INTERNET LTDA | ESTUFA I | Serviços de comunicação multimídia - SCM | 2016 |
| SELENE YUASA SOCIEDADE INDIVIDUAL DE ADVOCACIA | CENTRO | Serviços advocatícios | 2000 |
| SELETA - AGENCIA FORNECEDORA DE PROFISSIONAIS ESPECIALIZADOS, E DE PROFISSIONALIZACAO DE TRABALHADORES LTDA | CENTRO | Serviços combinados de escritório e apoio administrativo | 2005 |
| SELETA ZELADORIA, LIMPEZA, CONSERVACAO, MANUTENCAO DE EQUIPAMENTOS LTDA | CENTRO | Serviços combinados de escritório e apoio administrativo | 2007 |
| SELMA ALMEIDA DE LUCENA LTDA | TAQUARAL | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - minimercados, mercearias e armazéns | 2021 |
| SELVA MAR UBATUBA HOSPEDAGEM LTDA | RIO ESCURO | Outros alojamentos não especificados anteriormente | 2026 |
| SELVAGENS MOTO CLUBE - UBATUBA / SP | PEREQUE ACU | Atividades associativas não especificadas anteriormente | 2022 |
| SEMENTE GUEST HOUSE LTDA | PRAIA GRANDE | Outros alojamentos não especificados anteriormente | 2025 |
| SENA CONSULTORIA IMOBILIARIA LTDA | ITAGUA | Corretagem no aluguel de imóveis | 2023 |