| SD AGROPECUARIA LTDA | ZONA RURAL | Criação de bovinos para corte | 2018 |
| SEBASTIAO DOS PASSOS LTDA | CENTRO | Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, municipal | 2022 |
| SEBASTIAO OSMYR FONSECA DE ASSIS | ZONA RURAL | Incorporação de empreendimentos imobiliários | 1998 |
| SECRETARIA DE ESTADO DE EDUCACAO DE MATO GROSSO DO SUL | CENTRO | Administração pública em geral | 2000 |
| SECRETARIA DE ESTADO DE EDUCACAO DE MATO GROSSO DO SUL | VILA DONARIA | Administração pública em geral | 2000 |
| SELETA SOC CARITATIVA E HUMANITARIA QUADRO DE BONITO MS | CENTRO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 1992 |
| SELINA OPERATION HOSPEDAGEM LTDA | CENTRO | Hotéis | 2021 |
| SEMFILA LTDA | ZONA RURAL | Atividades de intermediação e agenciamento de serviços e negócios em geral, exceto imobiliários | 2021 |
| SENTINELA SEGURANCA ELETRONICA E SERVICOS LTDA | ALVORADA | Serviços combinados para apoio a edifícios, exceto condomínios prediais | 2023 |
| SERGINHO EVENTOS LTDA | RESIDENCIAL CELIANE SETTE | Serviços de organização de feiras, congressos, exposições e festas | 2017 |
| SERGIO BORTOLOTO JUNIOR LTDA | VILA DONARIA | Representantes comerciais e agentes do comércio de matérias-primas agrícolas e animais vivos | 2022 |
| SERGIO FELGA JUNIOR LTDA | CENTRO | Atividade odontológica | 2016 |
| SERJOANI E TRINDADE COMERCIO DE ALIMENTOS LTDA | CENTRO | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - minimercados, mercearias e armazéns | 2022 |
| SERRALHERIA E CALHAS DENTINHO LTDA | Vila America | Fabricação de artigos de serralheria, exceto esquadrias | 2011 |
| SERVICO NACIONAL DE APRENDIZAGEM COMERCIAL | JARDIM ANDREA | Outras atividades de ensino não especificadas anteriormente | 2026 |
| SERVICO NOTARIAL E DE REGISTRO CIVIL DAS PESSOAS NATURAIS E DE INTERDICOES E TUTELAS DA COMARCA DE BONITO | CENTRO | Cartórios | 2015 |
| SERVICO NOTARIAL E REGISTRO CIVIL DAS PESSOAS NATURAIS E DE INTERDICOES E TUTELAS DE BONITO/MS | CENTRO | Cartórios | 2026 |
| SESC ADMINISTRACAO REGIONAL NO ESTADO DO MATO GROSSO DO SUL | ZONA SUBURBANA | Serviços de assistência social sem alojamento | 2013 |
| SESC ADMINISTRACAO REGIONAL NO ESTADO DO MATO GROSSO DO SUL | ZONA RURAL | Serviços de assistência social sem alojamento | 2018 |
| SESC ADMINISTRACAO REGIONAL NO ESTADO DO MATO GROSSO DO SUL | ZONA SUBURBANA | Agências de viagens | 2026 |
| SESI - SERVICO SOCIAL DA INDUSTRIA DE MS | FAZ TRES RIOS | Ensino fundamental | 2000 |
| SET UP - BARES & RESTAURANTES LTDA | VILA AMERICA | Restaurantes e similares | 2022 |
| SGUISSARDI & SGUISSARDI LTDA | CENTRO | Lanchonetes, casas de chá, de sucos e similares | 2012 |
| SHOPPING 10 LTDA | CENTRO | Comércio varejista de artigos do vestuário e acessórios | 2014 |
| SHOPPING PROCRIADOR LTDA | CENTRO | Comércio varejista de medicamentos veterinários | 2012 |
| SIEMBRA CONSULTORIA AGRICOLA LTDA | JARDIM ANDREIA | Promoção de vendas | 2020 |
| SILVA E BENITEZ LTDA | VILA DONARIA | Representantes comerciais e agentes do comércio de produtos alimentícios, bebidas e fumo | 1994 |
| SILVA E JARA LTDA | ALVORADA | Comércio varejista de artigos de óptica | 2020 |
| SILVA & MEDINA LTDA | CENTRO | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - minimercados, mercearias e armazéns | 2009 |
| SILVEIRA E MAIA LTDA | CENTRO | Lanchonetes, casas de chá, de sucos e similares | 2016 |
| SILVEIRA E OLIVEIRA LTDA | MARAMBAIA | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - minimercados, mercearias e armazéns | 2010 |
| SIMARA DE ANDRADE XAVIER LTDA | CENTRO | Gestão e administração da propriedade imobiliária | 2026 |
| SINDIC. MUNIC. DOS TRABALHADORES EM EDUCACAO DE BONITO | CENTRO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 1981 |
| SINDICATO DOS SERVIDORES PUBLICOS MUNICIPAIS DE BONITO | VILA DONARIA | Atividades de organizações sindicais | 1989 |
| SINDICATO DOS TRABALHADORES RURAIS, AGRICULTORES E AGRICULTORAS FAMILIARES DE BONITO MS | CENTRO | Atividades de organizações sindicais | 2022 |
| SINDICATO DOS TRABALHADORES RURAIS DE BONITO | CENTRO | Atividades de organizações sindicais | 1983 |
| SINDICATO RURAL DE BONITO | Z. RURAL | Atividades de organizações sindicais | 1983 |
| SINDIJUS SIND. DOS TRAB. DO PODER JUD. DO ESTADO DO MS | VILA DONARIA | Atividades de organizações sindicais | 2009 |
| SINGULAR PSICOLOGIA E DESENVOLVIMENTO LTDA | CENTRO | Atividades de psicologia e psicanálise | 2026 |
| SIVIERO E CIA LTDA | CENTRO | Comércio varejista de medicamentos veterinários | 2024 |
| SMARTINS TRANSPORTE E COMERCIO DE GRAOS LTDA | ZONA RURAL | Comércio atacadista de matérias-primas agrícolas não especificadas anteriormente | 2025 |
| SNF PERFUMARIA LTDA | ALVORADA | Comércio varejista de cosméticos, produtos de perfumaria e de higiene pessoal | 2026 |
| SOARES & VERON LTDA | CENTRO | Comércio varejista de outros artigos de uso pessoal e doméstico não especificados anteriormente | 2013 |
| SOBA BONITO LTDA | CENTRO | Restaurantes e similares | 2022 |
| SOCIEDADE ACACIA BRANCA DE BONITO | CENTRO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 1981 |
| SOLAR DO CERRADO HOTEL POUSADA LTDA | JARDIM DAS FLORES | Hotéis | 2012 |
| SOLUCAO SERVICO DE ELETRICA E HIDRAULICA LTDA | CENTRO | Instalação e manutenção elétrica | 2016 |
| SOLUTEC COMERCIO E SERVICOS ELETRICOS LTDA | PARQUE RESIDENCIAL MARAMBAIA | Instalação e manutenção elétrica | 2015 |
| SORVETERIA FERNANDES LTDA | CENTRO | Comércio varejista de produtos alimentícios em geral ou especializado em produtos alimentícios não especificados anteriormente | 2022 |
| SOS SOLDAS LTDA | VILA DONARIA | Serviços de usinagem, tornearia e solda | 2022 |