| SECRETARIA GERAL DA GOVERNADORIA DO ESTADO - SEG | CENTRO | Administração pública em geral | 2023 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DA CRIANCA E ASSISTENCIA SOCIAL - SEMCAS | JARDIM ATLANTICO | Administração pública em geral | 1993 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DA CULTURA DE SAO LUIS - SECULT | CENTRO | Administração pública em geral | 1993 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DA FAZENDA (SEMFAZ) | CENTRO | Administração pública em geral | 1966 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE ADMINISTRACAO | RENASCENCA | Administração pública em geral | 2002 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE AGRICULTURA, PESCA E ABASTECIMENTO - SEMAPA | TIRIRICAL | Administração pública em geral | 2007 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE ARTICULACAO INSTITUCIONAL | CENTRO | Administração pública em geral | 2004 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE DESPORTO E LAZER - SEMDEL | CENTRO | Administração pública em geral | 1997 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE EDUCACAO | SAO FRANCISCO | Administração pública em geral | 1966 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE GOVERNO | CENTRO | Administração pública em geral | 1998 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE INFORMACAO E TECNOLOGIA | RENASCENCA | Administração pública em geral | 2005 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE INOVACAO, SUSTENTABILIDADE E PROJETOS ESPECIAIS (SEMISPE) | PONTA DO FAROL | Administração pública em geral | 2008 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE MEIO AMBIENTE - SEMMAM | DESTERRO | Administração pública em geral | 2007 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE OBRAS E SERVICOS PUBLICOS (SEMOSP) | TIRIRICAL | Administração pública em geral | 1998 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE PLANEJAMENTO E DESENVOLVIMENTO - SEPLAN | BOM MILAGRE | Administração pública em geral | 2005 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE SEGURANCA ALIMENTAR | SANTO ANTONIO | Administração pública em geral | 2003 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE SEGURANCA COM CIDADANIA | ALEMANHA | Administração pública em geral | 2009 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE TURISMO | CENTRO | Administração pública em geral | 2002 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE URBANISMO E HABITACAO | DESTERRO | Administração pública em geral | 2000 |
| SECRETARIA MUNICIPAL EXTRAORDINARIA DE GOVERNANCA SOLIDARIA E ORCAMENTO PARTICIPATIVO - SEMGOP | CENTRO | Administração pública em geral | 1998 |
| SECULOS ENGENHARIA E SERVICOS LTDA | ITAQUI | Construção de edifícios | 2018 |
| SECURE BRASIL CORRETORA DE SEGUROS LTDA | COHASERMA | Corretores e agentes de seguros, de planos de previdência complementar e de saúde | 2015 |
| SED - SERVICO DE ELETRODIAGNOSTICO LTDA | PONTA D AREIA | Atividades de serviços de complementação diagnóstica e terapêutica não especificadas anteriormente | 2002 |
| SEDALLIS ANESTESIA AMBULATORIAL LTDA | PONTA D AREIA | Atividade médica ambulatorial com recursos para realização de procedimentos cirúrgicos | 2025 |
| SEDANEST SERVICOS LTDA | PONTA DO FAROL | Atividades de atenção ambulatorial não especificadas anteriormente | 2026 |
| SEED GRAOS REFINADOS LTDA | ANGELIM | Comércio atacadista de aves vivas e ovos | 2024 |
| SEEL CONSULTORIA E GESTAO ESPORTIVA LTDA | COHAB ANIL IV | Produção e promoção de eventos esportivos | 2015 |
| SEFER MED SAUDE LTDA | RENASCENÇA | Atividades de atendimento hospitalar, exceto pronto-socorro e unidades para atendimento a urgências | 2026 |
| SEG AGRICOLA LTDA | PEDRINHAS | Serviços de agronomia e de consultoria às atividades agrícolas e pecuárias | 2023 |
| SEGINCON - SERVICOS DE SEGURANCA, INVESTIGACAO E LIMPESA LTDA | CONJUNTO RIO ANIL | Atividades de vigilância e segurança privada | 2000 |
| SEGINTEC LTDA | RETIRO NATAL | Atividades de vigilância e segurança privada | 2022 |
| SEGMAX DISTRIBUIDORA DE SEGURANCA LTDA | CONJUNTO HABITACIONAL VINHAIS | Comércio varejista especializado de peças e acessórios para aparelhos eletroeletrônicos para uso doméstico, exceto informática e comunicação | 2021 |
| SEGMAX SISTEMA DE SEGURANCA LTDA | PARQUE UNIVERSITARIO | Comércio varejista especializado de peças e acessórios para aparelhos eletroeletrônicos para uso doméstico, exceto informática e comunicação | 2022 |
| SEGNORTE LTDA | COHAB TURU | Obras de urbanização - ruas, praças e calçadas | 1996 |
| SEGROL SERVICOS LTDA | JOAO PAULO | Outras atividades de serviços prestados principalmente às empresas não especificadas anteriormente | 2012 |
| SEGSELCOM CORRETORA DE SEGUROS LTDA | CALHAU | Corretores e agentes de seguros, de planos de previdência complementar e de saúde | 2009 |
| SEGTEC - COMERCIO DE PRODUTOS DE SEGURANCA SAO LUIS LTDA | SAO FRANCISCO | Comércio atacadista de equipamentos elétricos de uso pessoal e doméstico | 2004 |
| SEGTEC - COMERCIO DE PRODUTOS DE SEGURANCA SAO LUIS LTDA | SAO FRANCISCO | Comércio varejista especializado de equipamentos e suprimentos de informática | 2021 |
| SEGUIBENS CORRETORA DE SEGUROS LTDA | TURU | Corretores e agentes de seguros, de planos de previdência complementar e de saúde | 2016 |
| SEGUNDA IGREJA BATISTA DE SAO LUIS | JOAO PAULO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1974 |
| SEGUNDA IGREJA PRESBITERIANA INDEPENDENTE DE SAO LUIS | B DE FATIMA | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1985 |
| SEGUNDO BATALHAO DE BOMBEIROS MILITAR | COHAB ANIL IV | Administração pública em geral | 2015 |
| SEGURALLES ADM E CORRETORA DE SEGUROS LTDA | SANTA ROSA | Corretores e agentes de seguros, de planos de previdência complementar e de saúde | 2016 |
| SEGURANCA ELETRONICA E TELEFONIA - SELT LTDA | BAIRRO DE FATIMA | Instalação e manutenção elétrica | 2008 |
| SEGURANCA TOTAL LTDA | BRISA DO MAR | Comércio atacadista de roupas e acessórios para uso profissional e de segurança do trabalho | 2023 |
| SEGURAUTOS CORRETORA DE SEGUROS LTDA | RECANTO DOS VINHAIS | Corretores e agentes de seguros, de planos de previdência complementar e de saúde | 2015 |
| SEGURPRO TECNOLOGIA EM SISTEMAS DE SEGURANCA ELETRONICA E INCENDIOS LTDA | OLHO D'AGUA | Comércio varejista de outros artigos de uso pessoal e doméstico não especificados anteriormente | 2021 |
| SEGURPRO VIGILANCIA PATRIMONIAL S.A | JARDIM SAO FRANCISCO | Atividades de vigilância e segurança privada | 2017 |
| SEGVIDA CORRETORA E ADMINISTRADORA DE SEGUROS LTDA | CONJUNTO HABITACIONAL TURU | Corretores e agentes de seguros, de planos de previdência complementar e de saúde | 2016 |
| SEHAMA SINDICATO EMPRESARIAL DE HOSPEDAGEM E ALIMENTACAO DO MARANHAO | JARDIM RENASCENCA | Atividades de organizações sindicais | 1974 |