| FUNDACAO ASSISTENCIAL DOS SERVIDORES DO MINISTERIO DA FAZENDA | VILA MATIAS | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 1985 |
| FUNDACAO CENTRO DE ATENDIMENTO SOCIOEDUCATIVO AO ADOLESCENTE - FUNDACAO CASA - SP | MONTE CABRAO | Administração pública em geral | 2014 |
| FUNDACAO CENTRO DE EXCELENCIA PORTUARIA DE SANTOS - CENEP-SANTOS | MACUCO | Outras atividades de ensino não especificadas anteriormente | 2009 |
| FUNDACAO DE ROTARIANOS DE SANTOS | GONZAGA | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 1980 |
| FUNDACAO DO ABC | VILA MATHIAS | Atividades de atendimento em pronto-socorro e unidades hospitalares para atendimento a urgências | 2016 |
| FUNDACAO DO ABC | BOQUEIRAO | Atividades de atendimento hospitalar, exceto pronto-socorro e unidades para atendimento a urgências | 2021 |
| FUNDACAO DO ABC | APARECIDA | Atividade médica ambulatorial com recursos para realização de exames complementares | 2021 |
| FUNDACAO 'DOM DAVID' | CAMPO GRANDE | Serviços de assistência social sem alojamento | 1987 |
| FUNDACAO EDUCATIVA ALBERT SCHWEITZER - FEAS | SABOO | Serviços de assistência social sem alojamento | 1985 |
| FUNDACAO INTEGRADA DE DIAGNOSTICO, PESQUISA, EDUCACAO E INOVACAO EM SAUDE FIDI | ENCRUZILHADA | Serviços de diagnóstico por imagem com uso de radiação ionizante, exceto tomografia | 2021 |
| FUNDACAO INTEGRADA DE DIAGNOSTICO, PESQUISA, EDUCACAO E INOVACAO EM SAUDE FIDI | MACUCO | Serviços de diagnóstico por imagem com uso de radiação ionizante, exceto tomografia | 2022 |
| FUNDACAO ITALO-BRASILEIRA DE CIENCIA,TECNOLOGIA E ENSINO - FUNDACAO GALILEO | VILA MATHIAS | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 2001 |
| FUNDACAO JORGE DUPRAT FIGUEIREDO, DE SEGURANCA E MEDICINA DO TRABALHO | VILA NOVA | Administração pública em geral | 1981 |
| FUNDACAO LOGOSOFICA EM PROL DA SUPERACAO HUMANA | MARAPE | Outras atividades de ensino não especificadas anteriormente | 1994 |
| FUNDACAO LUSIADA | BOQUEIRAO | Educação superior - graduação e pós-graduação | 1967 |
| FUNDACAO MARLIM AZUL | MARAPE | Atividades de jardins botânicos, zoológicos, parques nacionais, reservas ecológicas e áreas de proteção ambiental | 1999 |
| FUNDACAO MOKITI OKADA | ESTUARIO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 1983 |
| FUNDACAO MOKITI OKADA | EMBARE | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 1983 |
| FUNDACAO PARQUE TECNOLOGICO DE SANTOS | VILA NOVA | Pesquisa e desenvolvimento experimental em ciências físicas e naturais | 2011 |
| FUNDACAO PAULO GOMES BARBOSA | MORRO DO PACHECO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 2004 |
| FUNDACAO PAULO GOMES BARBOSA | MORRO DO PACHECO | Educação infantil - creche | 2007 |
| FUNDACAO PINACOTECA BENEDICTO CALIXTO | BOQUEIRAO | Atividades de museus e de exploração de lugares e prédios históricos e atrações similares | 1986 |
| FUNDACAO PRO-ESPORTE DE SANTOS | VILA MATHIAS | Produção e promoção de eventos esportivos | 1996 |
| FUNDACAO SAO FRANCISCO XAVIER | VILA MATHIAS | Outras atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente | 2003 |
| FUNDACAO SAO FRANCISCO XAVIER | CAMPO GRANDE | Atividade médica ambulatorial restrita a consultas | 2018 |
| FUNDACAO SAO FRANCISCO XAVIER | VILA MATHIAS | Atividades de fornecimento de infra-estrutura de apoio e assistência a paciente no domicílio | 2022 |
| FUNDACAO SETTAPORT DE RESPONSABILIDADE SOCIAL E INTEGRACAO PORTO CIDADE | CENTRO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 2008 |
| FUNDACAO SETTAPORT DE RESPONSABILIDADE SOCIAL E INTEGRACAO PORTO CIDADE | PAQUETA | Recuperação de materiais não especificados anteriormente | 2012 |
| FUNDACAO SETTAPORT DE RESPONSABILIDADE SOCIAL E INTEGRACAO PORTO CIDADE | APARECIDA | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 2025 |
| FUNDACAO TV EDUCATIVA UNIVERSIDADE CATOLICA DE SANTOS | ENCRUZILHADA | Atividades de televisão aberta | 1999 |
| FUNDAMENTAL CONSULTORIA DE GESTAO DE NEGOCIOS LTDA | GONZAGA | Preparação de documentos e serviços especializados de apoio administrativo não especificados anteriormente | 2008 |
| FUNDO DE ASSISTENCIA A CULTURA - FACULT | VILA MATHIAS | Administração pública em geral | 1989 |
| FUNDO DE DEFESA DA ECONOMIA CAFEEIRA | CENTRO | Serviços advocatícios | 1987 |
| FUNDO DE DESENVOLVIMENTO METROPOLITANO DA BAIXADA SANTISTA - FUNDO | VILA MATIAS | Administração pública em geral | 2011 |
| FUNDO DE DESENVOLVIMENTO URBANO DO MUNICIPIO DE SANTOS | GONZAGA | Administração pública em geral | 2013 |
| FUNDO MUNICIPAL DE ASSISTENCIA SOCIAL DE SANTOS | CENTRO | Administração pública em geral | 1994 |
| FUNDO MUNICIPAL DE SANEAMENTO BASICO E AMBIENTAL DE SANTOS | CENTRO | Descontaminação e outros serviços de gestão de resíduos | 2024 |
| FUNDO MUNICIPAL DE SAUDE DE SANTOS | CENTRO | Administração pública em geral | 2010 |
| FUNDO MUNICIPAL DO IDOSO DE SANTOS | CENTRO | Administração pública em geral | 2013 |
| FUNDO MUNICIPAL DOS DIREITOS DA CRIANCA E DO ADOLESCENTE | CENTRO | Regulação das atividades de saúde, educação, serviços culturais e outros serviços sociais | 1991 |
| FUNDO MUTUO DE ACOES SISTEMA | CENTRO | Fundos de investimento, exceto previdenciários e imobiliários | 1988 |
| FUNERAL PROTEGE PLANOS FUNERARIOS LTDA | BOQUEIRAO | Promoção de vendas | 2026 |
| FUNILARIA HOLANDEZA LTDA | MARAPE | Instalações hidráulicas, sanitárias e de gás | 1966 |
| FUOCO EDUCACAO E MEDICINA LTDA | APARECIDA | Outras atividades de ensino não especificadas anteriormente | 2021 |
| FURIO PARTICIPACOES LTDA | CENTRO | Holdings de instituições não-financeiras | 2025 |
| FURLANI CONSULTORIA DE INFORMATICA S/S LTDA | EMBARE | Consultoria em tecnologia da informação | 2019 |
| FURNO PETRAGLIA E PEREZ SOCIEDADE DE ADVOGADOS | VILA NOVA | Serviços advocatícios | 2012 |
| FURTADO & ABDOUNI ESTETICA LTDA | EMBARE | Atividades de estética e outros serviços de cuidados com a beleza | 2011 |
| FURTADO DE CARVALHO ODONTOLOGIA LTDA | APARECIDA | Atividade odontológica | 2009 |
| FUSAO SERVICOS DE TECNOLOGIA LTDA | CENTRO | Comércio varejista especializado de equipamentos e suprimentos de informática | 2023 |