| RODYVI TRANSPORTES LTDA | PLANALTO | Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, intermunicipal, interestadual e internacional | 2013 |
| ROSE FESTAS LTDA | NOVO HORIZONTE | Serviços de organização de feiras, congressos, exposições e festas | 2018 |
| S F PARTICIPACOES IMOBILIARIAS S/A | CENTRO | Holdings de instituições não-financeiras | 2023 |
| S MARQUES DE OLIVEIRA LTDA | PLANALTO | Serviços de prótese dentária | 2021 |
| S R CONSULTORIA E BEM ESTAR LTDA | ZORA RURAL | Treinamento em desenvolvimento profissional e gerencial | 2026 |
| SAKSIDA & CIA LTDA | CENTRO | Formação de condutores | 1999 |
| SALUTE ODONTOLOGIA LTDA | CENTRO | Atividade odontológica | 2017 |
| SAM TERCEIRIZACOES LTDA | CENTRO | Outras atividades de serviços prestados principalmente às empresas não especificadas anteriormente | 2020 |
| SAMARA SERVICOS DE ENFERMAGEMESTETICA LTDA | RESIDENCIAL CASA NOVA | Atividades de enfermagem | 2026 |
| SAN CONSTRUCOES LTDA | JARDIM RIO CLARO | Obras de alvenaria | 2025 |
| SAO JOSE COMERCIO EMBALAGENS E FESTAS LTDA | CENTRO | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - minimercados, mercearias e armazéns | 2022 |
| SAO JOSE DO RIO CLARO CAMARA MUNICIPAL | CENTRO | Administração pública em geral | 1993 |
| SAO JOSE DO RIO CLARO CARTORIO DE REGISTRO CIVIL | CENTRO | Cartórios | 1981 |
| SAO JOSE EMBALAGENS LTDA | CENTRO | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - minimercados, mercearias e armazéns | 2024 |
| SAO JOSE ORGANICOS LTDA | ZONA RURAL | Usinas de compostagem | 2020 |
| SAO JOSE TRASNSPORTES LTDA | MORADA DOS IPES | Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, intermunicipal, interestadual e internacional | 2018 |
| SAO VICENTE AGROPECUARIA E ARMAZENS GERAIS LTDA | ZONA RURAL | Armazéns gerais - emissão de warrant | 2013 |
| SECRETARIA MUNICIPAL DE EDUCACAO E CULTURA DE SAO JOSE DO RIO CLARO | CENTRO | Regulação das atividades de saúde, educação, serviços culturais e outros serviços sociais | 2009 |
| SERGIO PEREIRA LTDA | CENTRO | Comércio a varejo de peças e acessórios novos para veículos automotores | 2002 |
| SERVICOS ELETRICOS ELETROLUZ LTDA | CENTRO | Construção de estações e redes de distribuição de energia elétrica | 2023 |
| SF INDUSTRIA E COMERCIO DE CARNES LTDA | ZONA RURAL | Frigorífico - abate de bovinos | 2013 |
| SINDICATO DAS INDUSTRIA MADEIREIRA DO MEDIO NORTE NO ESTADO DE MATO GROSSO | CENTRO | Atividades de organizações sindicais | 1998 |
| SINDICATO DOS TRABALHADORES E TRABALHADORAS RURAIS | CENTRO | Atividades de organizações sindicais | 1983 |
| SINDICATO DOS TRABALHADORES NA IND. DA CONTRUCAO E DO MOBILIARIO DE SAO JOSE DO RIO CLARO | NOVO HORIZONTE | Atividades de organizações sindicais | 1993 |
| SINDICATO DOS TRABALHADORES NO ENSINO PUBLICO | PLANALTO | Atividades de organizações sindicais | 2022 |
| SINDICATO RURAL DO MUNICIPIO DE SAO JOSE DO RIO CLARO - MT | CENTRO | Atividades de organizações sindicais | 1998 |
| SINOVA INOVACOES AGRICOLAS S.A | JARDIM RIO CLARO | Comércio atacadista de soja | 2022 |
| SIPAL INDUSTRIA E COMERCIO LTDA | GLEBA CAETANO DIAS | Armazéns gerais - emissão de warrant | 2021 |
| SJRC MONITORAMENTO ELETRONICO LTDA | NOVO HORIZONTE | Atividades de monitoramento de sistemas de segurança eletrônico | 2013 |
| SKIN CLINICA MEDICA LTDA | CENTRO | Atividades de estética e outros serviços de cuidados com a beleza | 2020 |
| SOCIEDADE ESPIRITA ALLAN KARDEC | CENTRO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1995 |
| SOFT AGROPECUARIA LTDA | ZONA RURAL | Criação de bovinos para corte | 2019 |
| SOLOS AGRO FLORESTAL LTDA FALIDO | ZONA RURAL | Cultivo de cana-de-açúcar | 2018 |
| SOLUCAO ALUMINIO LTDA | CENTRO | Fabricação de artigos de serralheria, exceto esquadrias | 2022 |
| SOUZA MOTOS COMERCIO DE PECAS E SERVICOS LTDA | CENTRO | Comércio a varejo de peças e acessórios novos para motocicletas e motonetas | 2010 |
| SOUZA VERAO FERTIL SOLO LTDA | CENTRO | Comércio atacadista de defensivos agrícolas, adubos, fertilizantes e corretivos do solo | 2022 |
| SPARTACUS SPORTS NUTRITION LTDA | CENTRO | Comércio varejista de produtos alimentícios em geral ou especializado em produtos alimentícios não especificados anteriormente | 2024 |
| SPE RIO CLARO INCORPORACAO E CONSTRUCAO LTDA | CENTRO | Construção de edifícios | 2018 |
| STUGINSKI SOLUCOES ELETRICAS LTDA | MORADA DOS YPES | Comércio varejista de material elétrico | 2024 |
| SUPERMERCADO BIRIGUI LTDA | CENTRO | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - supermercados | 2002 |
| SUPERMERCADO GMS LTDA | JARDIM OLINDA | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - minimercados, mercearias e armazéns | 2019 |
| SUPERMERCADO LIBRA LTDA | ZONA RURAL | Comércio varejista de mercadorias em geral, com predominância de produtos alimentícios - minimercados, mercearias e armazéns | 1994 |
| SUZANA DOCKHORN ENFERMAGEM LTDA | CENTRO | Atividades de enfermagem | 2022 |
| SYNGENTA COMERCIAL AGRICOLA LTDA | JD. RIO CLARO | Comércio atacadista de defensivos agrícolas, adubos, fertilizantes e corretivos do solo | 2026 |
| T. L. I. DE LIMA LTDA | CENTRO | Formação de condutores | 2020 |
| T M M TRANSPORTADORA E MECANICA MUNIZ LTDA | BELA VISTA | Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, intermunicipal, interestadual e internacional | 1997 |
| T.T.D. VASSOLER TRANSPORTES LTDA | CENTRO | Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, intermunicipal, interestadual e internacional | 2013 |
| TAIANE CRISTINA ENFERMAGEM LTDA | MORADA DOS YPES | Atividades de enfermagem | 2022 |
| TAPAYUNAS AGRICOLA LTDA | ZONA RURAL | Cultivo de soja | 2025 |
| TELLUS MATER BIOCOMBUSTIVEIS LTDA FALIDO | ZONA RURAL | Fabricação de álcool | 2009 |