| HERNANDES VEICULOS LTDA | SETOR VILA BELA | Comércio sob consignação de veículos automotores | 2019 |
| HERNANI JOSE ALVES REPRESENTACOES LTDA | SETOR AEROPORTO II | Representantes comerciais e agentes do comércio de matérias-primas agrícolas e animais vivos | 2010 |
| HIANNY TEIXEIRA FERREIRA LTDA | SETOR ELIZIARIO | Comércio varejista de produtos farmacêuticos, sem manipulação de fórmulas | 2025 |
| HIDROAGUAS LOCACAO LTDA | SETOR OESTE | Aluguel de máquinas e equipamentos para construção sem operador, exceto andaimes | 2023 |
| HIRSCHI PARTICIPACOES LTDA | AEROPORTO II | Compra e venda de imóveis próprios | 2008 |
| HMV ARTEFATOS DE CONCRETOS LTDA | VILA SAO JOSE | Fabricação de outros artefatos e produtos de concreto, cimento, fibrocimento, gesso e materiais semelhantes | 2022 |
| HOLDING ANTONIO CARLOS SOFFA LTDA | CENTRO | Holdings de instituições não-financeiras | 2024 |
| HOLDING SANTA HELENA LTDA | ZONA RURAL | Holdings de instituições não-financeiras | 2024 |
| HOSPITAL MODELO REGIONAL LTDA | SETOR OESTE | Atividades de atendimento hospitalar, exceto pronto-socorro e unidades para atendimento a urgências | 1981 |
| HOSPITAL MUNICIPAL DA SECRETARIA DA SAUDE E HIGIENE | SEDE | Administração pública em geral | 1991 |
| HOTEL DE LAZER CANOEIROS LTDA | LUIZ ALVES | Hotéis | 1996 |
| HOTEL O PESCADOR LTDA | PORTO LUIZ ALVES | Hotéis | 2020 |
| HOTEL SAO MIGUEL LTDA | SETOR CENTRAL | Hotéis | 1994 |
| HOTEL VEREDAS DO ARAGUAIA LTDA | CENTRO | Hotéis | 2013 |
| I F DE SOUZA CLINICAL LTDA | SETOR AEROPORTO | Atividade médica ambulatorial restrita a consultas | 2021 |
| IASI CINTRA LTDA | BOSQUE DA SAUDE | Serviços de prótese dentária | 2022 |
| IGREJA APOSTOLICA | CENTRO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1982 |
| IGREJA ASSEMBLEIA DE DEUS CONSOLADOR DA PAZ | VILA MARTINS | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2018 |
| IGREJA ASSEMBLEIA DE DEUS MONTE SIAO | SETOR AEROPORTO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2018 |
| IGREJA BATISTA DA PAZ | VILA SAO JOSE | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2001 |
| IGREJA BATISTA DE SAO MIGUEL DO ARAGUAIA | CENTRO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1996 |
| IGREJA DE CRISTO DE SAO MIGUEL DO ARAGUAIA | CENTRO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1987 |
| IGREJA DE DEUS NO BRASIL - SAO MIGUEL DO ARAGUAIA - GO | SETOR FLAMBOYANT | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2024 |
| IGREJA DO EVANGELHO QUADRANGULAR | SETOR OESTE | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1995 |
| IGREJA EVANGELICA ASSEMBLEIA DE DEUS | AEROPORTO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1972 |
| IGREJA EVANGELICA ASSEMBLEIA DE DEUS CIMADSETA | AEROPORTO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1997 |
| IGREJA EVANGELICA PENTECOSTAL O BRASIL PARA CRISTO EM SAO MIGUEL DO ARAGUAIA | SETOR AEROPORTO II | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2005 |
| IGREJA MUNDIAL DO PODER DE DEUS | SETOR OESTE | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2015 |
| IGREJA PENTECOSTAL FONTE DA VERDADE MINISTERIO BOAS NOVAS | VILA MARTINS | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2005 |
| IGREJA PRESBITERIANA DE SAO MIGUEL DO ARAGUAIA | SETOR AEROPORTO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 1995 |
| IGREJA PRESBITERIANA NOVA VIDA DE SAO MIGUEL DO ARAGUAIA | VILA SAO JOSE | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2019 |
| IGREJA UNIVERSAL DO REINO DE DEUS | CENTRO | Atividades de organizações religiosas ou filosóficas | 2002 |
| IHAN AGUIAR EVENTOS E TURISMOS LTDA | BELA VISTA | Serviços de organização de feiras, congressos, exposições e festas | 2023 |
| IMPACTOS AUTO PECAS LTDA | CENTRO | Comércio a varejo de peças e acessórios novos para veículos automotores | 2026 |
| IMPERIO DE TINTAS LTDA | SETOR OESTE | Comércio varejista de tintas e materiais para pintura | 2023 |
| IMPERIO DO CASCALHO LTDA | SETOR OESTE | Demolição de edifícios e outras estruturas | 2026 |
| IMPERIO HOME ENGENHARIA E CONSTRUTORA LTDA | CENTRO | Serviços de engenharia | 2024 |
| INDIANA DO ARAGUAIA PARTICIPACOES E EMPREENDIMENTOS LTDA | ZONA RURAL | Aluguel de imóveis próprios | 2013 |
| INSTITUTO ALCANCE GESTAO EM SAUDE - IAGS | ELIZIARIO | Atividades de atendimento hospitalar, exceto pronto-socorro e unidades para atendimento a urgências | 2018 |
| INSTITUTO AVANCAR DE DESENVOLVIMENTO NEURODIVERSO - CEDES SAO MIGUEL DO ARAGUAIA | CENTRO | Outras atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente | 2025 |
| INSTITUTO AVANCAR LTDA | CENTRAL | Atividades de psicologia e psicanálise | 2025 |
| INSTITUTO DE ENSINO ABRAO PHARMA LTDA | RESIDENCIAL MORADA DO SOL | Atividades de apoio à educação, exceto caixas escolares | 2021 |
| INSTITUTO DE PREVIDENCIA DOS SERVIDORES PUBLICOS DO MUNICIPIO DE SAO MIGUEL DO ARAGUAIA | SETOR AEROPORTO | Seguridade social obrigatória | 2002 |
| INSTITUTO GOIANO DE PSICOLOGIA E NEURODESENVOLVIMENTO LTDA | CENTRO | Atividades de psicologia e psicanálise | 2022 |
| INSTITUTO JUBILEU | BELA VISTA | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 2025 |
| INSTITUTO MA LTDA | CENTRO | Atividade médica ambulatorial restrita a consultas | 2023 |
| INSTITUTO MAIS AMIGOS | CENTRO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 2020 |
| INSTITUTO MAO AMIGA | AEROPORTO | Atividades de associações de defesa de direitos sociais | 2014 |
| INSTITUTO NACIONAL DO SEGURO SOCIAL | VILA SAO JOAO | Seguridade social obrigatória | 2012 |
| INTEGRATO FIBRA TELECOMUNICACOES LTDA | CENTRO | Serviços de comunicação multimídia - SCM | 2023 |